历史
名称由来
《汉书·艺文志·方技略》载有医经、经方、神仙和房中四种中医典籍，《黄帝内经》被收录于医经中。
所谓医经，就是阐发人体生理、病理、诊断、治疗和预防等医学理论之著作。之所以称之为经，是因为其重要性。古人把具有一定法则、一般必须学习的重要书籍称之为经，如儒家六经，老子的道德经以及浅显的三字经等。之所以称内经，并非像吴昆《素问注》、王九达《内经合类》所称五内阴阳之谓内，也不是张介宾《类经》所说内者，生命之道，而仅仅是与外相对为言。这和韩诗内传、韩诗外传，春秋内传、春秋外传，《庄子》的《内篇》、《外篇》，,《韩非子》的《内储》、《外储》之意相同，只是《黄帝外经》及扁鹊、白氏诸经均已散佚不传。
成书时代
《黄帝内经》又称《内经》，是中国最早的典籍之一，也是中国传统医学四大经典之首。相传为黄帝所作，因以为名。但后世较为公认此书最终成型于西汉，作者亦非一人，而是由中国历代黄老医家传承增补发展创作而来。正如《淮南子·修务训》所指出的那样，冠以黄帝之名，意在溯源崇本，藉以说明中国医药文化发祥之早。实非一时之言，亦非一人之手。
《黄帝内经》成书时代，古人主要有三种观点：
先秦时期
持这种观点的人有晋代的皇甫谧，宋代的林亿、高保衡等。他们认为像黄帝内经这样科学巨著，非通晓智慧的圣贤大智不能为之，所以必定是黄帝所作。
战国时期
持这种观点的人有宋代的邵雍、程颢、司马光、朱熹，明代的桑悦、方以智、方孝孺，清代的魏荔彤等。其主要理由是：首先，将《黄帝内经·素问》与同样是战国时代的《周礼》相比较，有许多相同之处，足以充分证明两书是同一时代、同一思想体系的作品；其次，《史记·扁鹊传》中有关医理的内容，与《黄帝内经·素问》的内容相类似，,但却朴素、原始得多，而《史记·仓公列传》中有关医理的内容却比《黄帝内经·素问》有所进步，由此推断：《黄帝内经》应当是扁鹊时代以后、仓公时代之前的作品，也就是战国时代的作品。最后，以《黄帝内经》的文体为例，也可以说明这一点：先秦之文，多作韵语，而《素问》中韵语的文字特别多。
清代《四库全书简明目录》进一步肯定了这一说法，因为《四库全书》在中国古代学术界有相当高的地位，这种说法也就被许多人所接受。
西汉时期
明代郎瑛从夏禹时仪狄造酒的传说和罗出现于汉代等证据推断《素问》产生于西汉时期。
现代中医学专家刘长林、吴文鼎等人也持这种意见。其主要理由是：其一，《黄帝内经》全书约计20万字，这在2000多年前可以说是一部巨著。编著这样的医籍需要有一个安定的社会环境，需要花费巨大的人力、物力，这在战事连年、七雄割据的战国时代是不可能办到的。只有在西汉时期，随着政治的稳定，经济的发展，才为医学家编著医籍提供了现实的条件；其二，西汉初淮南王刘安的《淮南子·修务训》曰：,世俗人多尊古而贱今，故为道者必记之神农、黄帝而后能入说。《黄帝内经》在书名和思想内容上与黄老学派的密切联系，也为只有在西汉黄老学派鼎盛时期才能成书提供了佐证；其三，西汉司马迁在《史记·仓公列传》中，记述了西汉初年名医淳于意在接受老师公乘阳庆传授给他的十种医书中，竟没有《黄帝内经》，这也足以说明《黄帝内经》不可能成书于西汉之前。
以上观点可以看出，古人认为《黄帝内经》成书为战国时期较为可信。但也不能认为《素问》、《灵枢》所有篇章尽出战国。元末明初医学家吕复对此发表过中肯的见解，认为内经非一时之言，亦非一人之手。姚际恒《古今伪书考》、周木《素问纠略序》、程敏政《新安文献集·运气说》、黄省曾《五岳山人集·内经注辨序》等人也赞同吕复。
比较科学的观点是，《黄帝内经》并不是由一个作者完成于一个短时间内，是多个作者跨越了一个较长的时间段集结而成：
一、先秦文体多韵语，而《黄帝内经》中一些篇章亦有不少韵语，这些章节可能是先秦时期的作品。
二、与1973年长沙马王堆的帛书《足臂十一脉灸经》、1972年甘肃武威汉墓出土的压药简牍、1977年安徽阜阳双古堆西汉汝阴侯墓出土的六王斌盘和太乙九宫占盘相比较，可知《灵枢》中有些篇章成书于春秋战国时，有些成书于西汉更早。
三、《黄帝内经》中引用的一些文献，如《上下经》、《睽度》等是战国甚至更早的著作。
四、《素问·宝命全形论》中用的黔首一词，是战国及秦代对国民的称呼，而《素问·灵兰秘典论》中的相傅之官和州都之官则是曹魏时期出现的官名。
五、《灵枢》中个别篇章晚出，如《阴阳系日月篇》有寅者，正月之生阳也句，故可断定成于汉武帝太初元年颁布太初历之后。
六、《素问》中一些篇章用干支纪年，而采用干支纪年是东汉之事。《素问》第七卷亡佚已久，唐王冰据其先师张公秘本补入《天元纪大论》、《五运行大论》、《六微旨大论》、《气交变大论》、《五常政大论》、《六元正纪大论》和《至真要大论》，实际上是另一部医书《阴阳大论》。以其用甲子纪年，便可断定必在东汉汉章帝元和二年颁布四分历之后；以其曾被张仲景撰写《伤寒杂病论》时所引用，因此一定在张仲景之先。
七、《素问》中第七十二篇《刺法论》和第七十三篇《本病论》，在王冰次注《素问》时已是有目无文，宋刘温舒著《素问入式运气论奥》时却将该二篇作为《素问遗篇》陈列于后。可以认为这两篇系唐宋间的伪作。
综合论之，《黄帝内经》成书亦非一时，作者亦非一人。其笔之于书，应在战国，其个别篇章成于两汉。至于王冰之所补与刘温舒之所附不应视为《黄帝内经》文，但依惯例认为属于内经亦无不可。
传本演变
一、《素问》
《素问》之名最早见于东汉张仲景《伤寒杂病论·自序》：撰用《素问》、《九卷》、《八十一难》、《阴阳大论》、《胎胪》、《药录》。
林亿、高保衡等人的新校正说：人是具备气形质的生命体，难免会有小大不同的疾病发生，故以问答形式予以阐明，这就是《素问》本义。隋代杨上善整理《内经》，迳称为《黄帝内经太素》是颇有见地的。
《素问》自战国时代成书到齐梁间全元起作《素问训解》时，一直保持九卷的旧制，只是到全元起注《素问》时，《素问》的第七卷已经亡佚了。王冰认为是惧非其人而时有所隐，故第七一卷师氏藏之的缘故。王冰自谓得先师张公秘本，因而撰注，用传不朽，兼旧藏之卷，合八十一篇二十四卷。由于王冰补入了《天元纪大论》、《五运行大论》、《六微旨大论》、《气交变大论》、《五常政大论》、《六元正纪大论》和《至真要大论》等七篇大论，并将《素问》全文广为次注，,所以才从原来的九卷大大地扩展为二十四卷，从而成了如今流行的《黄帝内经素问》。当然还有元代胡氏古林书堂十二卷刊本和明代正统年间所刊五十卷《道藏》本，但其内容、篇目次第并无变动，一如王冰旧作。
二、《灵枢》
《灵枢》最早称《针经》。第一篇《九针十二原》就有先立《针经》之语，相当于自我介绍。后来又称为《九卷》，晋皇甫谧复又称之为《针经》，再后又有《九虚》、《九灵》、《黄帝针经》等名。
《灵枢》一名，始见于王冰《素问》序及王冰的《素问》注语中。王冰在注《素问》时，曾两次引用经脉为里，支而横者为络，络之别者为孙络这句话，在《三部九候论》中引用时称《灵枢》曰，在《调经论》中引用时又称《针经》曰，可知《灵枢》即《针经》。而其他《素问》注中所引《针经》，皆为《灵枢》之文，则更证明了这一点。
《灵枢》名称的演变大略如此，而其命名之义则需具体分析。马翃和张介宾认为是因为枢机之玄奥。《灵枢》主要研究的是针刺问题，故称《针经》；因其卷帙为九卷，故名曰《九卷》，并因此而有《九灵》、《九虚》等名。
至于《灵枢》，虽有《九卷》、《九虚》、《九灵》和《针经》等几个传本系统，但隋唐以后都亡佚了。宋代林亿、高保衡等人校正医书时也因其残缺过甚而欲校不能。南宋史崧所献的《灵枢经》虽与王冰所引之《灵枢》及王唯一所引之《灵枢》在内容上均有所不同，但毕竟是存世的唯一版本。史崧之所以将《灵枢》改成二十四卷，也只是为了与王冰所注之《素问》卷数相同而别无深意。因为原本这两部书都是九卷，所以最终都成了二十四卷。
元代胡氏古林书堂刊本将《灵枢》并为十二卷，也是与其所刊《素问》十二卷本相匹配。至于明刊《道藏》本之《灵枢》只有二十三卷而不是五十卷，则是因为《灵枢》较《素问》文字量少的缘故。
总之，王冰次注的二十四卷本《素问》是现存最早、又经北宋校正医书局校正的版本。
史崧改编的二十四卷本《灵枢》是现存最早和唯一行世的版本。