学术价值
《神农本草经》的历史地位不可低估，它将东汉以前零散的药学知识进行了系统总结，其中包含了许多具有科学价值的内容，被历代医家所珍视。而且其作为药物学著作的编撰体例也被长期沿用，作为中国第一部药物学专著，影响是极为深远的。《本经》首次提出了君臣佐使的方剂理论，一直被后世方剂学所沿用，有序例自成一卷，是全书的总论，归纳了13条药学理论。
《本经》的问世，对中国药学的发展影响很大。历史上具有代表性的几部《本草》，如《本草经集注》《新修本草》《证类本草》《本草纲目》等，都渊源于《本经》而发展起来的。药物之间的相互关系也是药学一大关键，《本经》提出的七情和合原则在几千年的用药实践中发挥了巨大作用。
药物之间，有的共同使用就能相互辅佐，发挥更大的功效，有的甚至比各自单独使用的效果强上数倍；有的两药相遇则一方会减小另一方的药性，便其难以发挥作用；有的药可以减去另一种药物的毒性，常在炮制毒性药时或者在方中制约一种药的毒性时使用；有的两种药品本身均无毒，但两药相遇则会产生很大的毒性，损害身体等等。这些都是业医者或从事药物学研究的人员必备的基本专业知识，十分重要，甚至操纵着生死之关隘，不可轻忽一分半毫。
很长一段历史时期内，《本经》都是医生和药师学习中药学的教科书，或者是作为必读书，被放在了非常重要的位置上。书中对于药物性质的定位和对其功能主治的描述十分准确，其中规定的大部分药物学理论和配伍规则，到今天，也仍是中医药学的重要理论支柱。对于现代的中医临床，《本经》的论述仍旧具有十分稳固的权威性，同时，它也成为了医学工作者案头必备的工具书之一。
规定了药物的剂型
《本经·序录》认为：药性有宜丸者，宜散者，宜水煮者，宜酒渍者，宜膏煎者，亦有一物兼主者，亦有不可入汤、酒者，并随药性，不得违越。此处一方面体现了在2000年前中药剂型已有的成就，另一方面也体现了药物剂型工艺以及对哪些药宜用哪种剂型的研究经验，如消石炼之如膏，术作煎饵，茺蔚子可作浴汤，葡萄可作酒，白芷可作面脂，牛角、牛胆可入丸药，蝟皮酒煮杀之，露蜂房火熬之良，当归治金创煮饮之，雷丸作膏摩，除小儿百病，,蛇蜕火熬之良，贝子烧用之良等等。此处既讲了药物炮制加工方法，同时也说明了不同药物在具体应用时要采用不同的剂型，才能更有效地发挥其治疗效果。对现今中医业医者只采用汤药成药的现象具有很大的批判性的价值。
对药物治病取效的客观评价
《神农本草经·序录》认为凡欲治病，先察其源，先候病机，五脏未虚，六府未竭，血脉未乱，精神未散，服药必治。若病已成，可得半愈。病势已过，命将难全。此处首先告诫人们，有病必须早治；其次强调了疾病的痊愈与否，不能完全依赖药物的作用，主要是机体的防御机能和在药物干预下机体驱邪愈病的内在能力。
强调辨证施药
《神农本草经·序录》提出疗寒以热药，疗热以寒药，饮食不消，以吐下药，鬼疰蛊毒以毒药，痈肿疮疡以疮药，风湿以风湿药，各随其所宜。此语不但突出了辨证施治用药的主旨，还提示在辨证施治用药的前提下，务必要辨别疾病的性质用药，辨别病因而审因论治，辨别病情轻重并根据病情轻重而施以用药，还要辨别躯体病与内脏病的差异而用药。前者用疮药、风湿药，后者用毒药。若通览书中365味药物的功效和主治，还可以发现，书中根据内科疾病、,妇科疾病、外科疾病、五官科疾病、皮肤病等等不同病种而施以不同药物予以治疗，这些内容都充分体现了辨证施治的用药思想。
重视服药时间与疗效的关系
《神农本草经·序录》认为：病在胸膈以上者，先食后服药；病在腹以下者，先服药而后食；病在四肢血脉者，宜空腹而在旦；病在骨髓者，宜饱满而在夜。这说明本书作者在认真总结前人用药经验的基础上，认识到服药时间与药物疗效之间的密切关系。
践行药有阴阳理论的价值
《内经》首先提出了药有阴阳理论，《本经》对这一理论予以践行。所谓药有阴阳，其含义甚广。若仅从植物药与矿物药分阴阳，矿物药质地沉重而主降，属性为阴，植物药质地轻清而属阳。若就植物药而言，凡药用其花、其叶、其枝者多属阳，若用其根、其干者多为阴。如若对药物深层的内涵以阴阳分，则阳为气，阴为味……阴味出下窍，阳气出上窍。味厚者为阴，薄为阴之阳。气厚者为阳，薄为阳之阴。味厚则泄，薄则通。气薄则发泄，厚则发热。,气味辛甘发散为阳，酸苦涌泄为阴，具体内容可详见于《素问·阴阳应象大论》。
药有酸、咸、甘、苦、辛五味
《本经·序例》所谓药有酸、咸、甘、苦、辛五味，其本义是指人们可以品尝到的药物真实滋味以及其对人体气血阴阳的作用。药物真实滋味不止五种，由于受事物五行属性归类理论的影响，于是自古至今，将药物之滋味统统纳之于五味之中，并将涩味附之于酸，淡味附之于甘，以合药物五味的五行属性归类。
药物有寒热温凉四气
《本经》所言药物有寒、热、温、凉四气。四气，即四性，是药物或食物的寒热温凉四种性质，与人们味觉可感知的五味相对而言，四气属阳， 五味属阴，也就是《素问·阴阳应象大论》阳为气，阴为味之意。事物之阴阳属性是可分的，阳中有阴，阴中有阳，故药物寒热温凉之性还可再分阴阳。温性、热性为阳，凉性、寒性属阴。热甚于温，寒甚于凉，其中只是程度的差异。温热药有微温、温、热、大热的不同量级；寒凉药有凉、微寒、寒、大寒的不同量级，,如果在性质上没有寒热温凉明显的性质差异，于是就用平标定其性质。
认为药有毒无毒，斟酌其宜
《本经·序录》中有毒无毒，斟酌其宜指的是在临证用药时，务必要熟悉哪些药物有毒，哪些药物无毒。有毒之药，其毒性之大小及程度何如等等，然后再根据临证实际情况，斟酌用药。
认为药有七情和合
《本经·序录》认为：药有单行者，有相须者，有相使者，有相畏者，有相恶者，有相反者，有相杀者。凡此七情，合和视之。这就是药物配伍理论中七情和合的源头，指药物配伍中的特殊关系。